Synagoga w Czarnym Dunajcu powstała prawdopodobnie na przełomie XIX i XX wieku. Według relacji potomków budynek mógł pomieścić około 300 wiernych, na parterze znajdowała się główna sala z szafą lub niszą ołtarzową aron ha-kodesz skierowaną w kierunku południowo-wschodnim (w stronę Jerozolimy).
Do dzisiaj nie zachowało się wyposażenie synagogi, jedynie na ścianach widoczne są resztki kolorowej polichromii. Po wojnie budynek synagogi został przebudowany. W miejscu aron ha-kodesz wybito dodatkowe drzwi od ulicy Sienkiewicza, dobudowano dodatkowy strop i na pierwszym piętrze uzyskano dodatkową przestrzeń w miejsce galerii z babińcem. Budynek synagogi służył po wojnie jako magazyn “GS”, a później prywatny magazyn mebli.
Dzięki staraniom wolontariuszy projektu “Ludzie, nie Liczby”, a później urzędu gminy w Czarnym Dunajcu w październiku 2021 r. budynek został wpisany do rejestru zabytków, a dzięki podpisaniu umowy dzierżawy z Krakowską Gminą Wyznaniową, która formalnie jest właścicielem synagogi, podjęto próbę znalezienia środków finansowych na jej remont. Docelowo w budynku ma się znajdować Centrum Dialogu Międzynarodowego z Domem Pamięci Ziemi Czarnodunajeckiej.