Większość Żydów z Czarnego Dunajca i Podhala zginęła w 1942 r. w obozie zagłady w Bełżcu, miejscowości, która leży obecnie w województwie lubelskim przy granicy z Ukrainą. Akcja likwidacyjna przeprowadzona przez Niemców rozpoczęła się w niedzielę 30 sierpnia 1942 r. na stadionie w Nowym Targu w pobliżu stacji kolejowej. Władze okupacyjne spędziły na stadion ok. 3000 Żydów, którzy przebywali wtedy w mieście, oprócz mieszkańców Nowego Targu były to też osoby z okolicznych miejscowości: Zakopanego, Szczawnicy, Rabki, Czarnego Dunajca i innych.
Gestapowcy podzielili Żydów na kilka grup: członków Judenratu, osoby starsze, chore i te, które według nich miały mniejsze szanse na przeżycie transportu do obozu zagłady wywieziono ciężarówkami na cmentarz żydowski w Nowym Targu i tam dokonano ich egzekucji. Grupę około 300 mężczyzn poniżej 35 roku życia, którzy byli zdolni do pracy wysłano do obozów, m.in. do Hobagu w Czarnym Dunajcu.
Pozostałych, około 1500 osób, załadowano do wagonów wysypanych wapnem na stacji kolejowej w Nowym Targu. Pociąg wyruszył w kierunku Chabówki ok. godz. 14, a docelowo dojechał do obozu Zagłady w Bełżcu, gdzie zginęła większość żydowskich mieszkańców Podhala.